Институт был организован в июле 1996 г. инициативной группой сотрудников кафедры Психотерапии Московской Медицинской Академии им. И.М. Сеченова, а также Московского Государственного Университета им. М.В. Ломоносова и Московского Института Медико-Социальной Реабилитологии. С момента своего основания Институт активно продолжил работы, начатые в лаборатории Психокоррекции 1-го ММИ им. И.М. Сеченова. Основное научное направление было связано с разработкой технологий неосознанного воздействия с целью их применения в качестве эффективного психотерапевтического метода, независимого от личностных характеристик как пациента, так и самого психотерапевта.
С момента своего создания институт проводил политику открытости своих исследований и разработок, для чего были заключены договоры о научно-техническом сотрудничестве с различными научными центрами: в 1996 г. с Московской Медицинской Академией им. И.М. Сеченова, в 1997 г. с Центром Аналитических Исследований в области физики, химии и биологии при Президиуме РАН РФ, в 1998 г. с Институтом Бхактиведанты (Индия), в 2008 г. с научно-производственной фирмой MAGERIC, в 2008 г. с Сибирским Государственным Медицинским Университетом (СибГМУ), в 2016 г. с Московским городским центром пограничных состояний им. Ю.В. Каннабиха и другими организациями.
За время своего существования институт провел апробации разрабатываемых технологий в более чем 40 различных медицинских, социальных, образовательных, пенитенциарных и других организациях. На клинических базах было обследовано и проведено психотерапевтическое лечение с применением технологий неосознаваемой психокоррекции более чем 9 тысячам пациентов, из них для более чем 2,5 тысяч человек были разработаны индивидуальные психокоррекционные программы. За этот же период было выпущено более 20 наименований продукции психокоррекционного и психодиагностического назначения, ориентированной на различные направления (здравоохранение, образование, социальные центры, пенитенциарные учреждения, производственные организации).